Jan Jongepier (1941-2011) ontving zijn eerste orgellessen van zijn vader, die amateur-organist was. Hij vervolgde zijn studie bij Cor Kroonenberg te Zaandam voor het Staatsdiploma Orgel A (l962). Aan het Conservatorium van Amsterdam verwierf hij het einddiploma solospel bij Piet Kee en in 1971 de Prix d’Excellence.
Jan Jongepier won in 1968 het Nationaal Imrpovisatieconcours in Bolsward en het Internationaal Improvisatie Concours van Haarlem bracht hij driemaal achtereenvolgens op zijn naam (1970, 1971 en 1972).

Op 16-jarige leeftijd werd Jongepier na een vergelijkend examen tot organist van het Garrels-orgel in de Grote Kerk van Purmerend benoemd. Dat bleef hij tot de demontage van het orgel in 1976. Van 1981 tot 2006 was hij organist van het Müller-orgel in de Grote- of Jacobijnerkerk te Leeuwarden. Als orgeldocent was Jongepier verbonden aan de conservatoria te Leeuwarden en Groningen.

Hij concerteerde op vele plaatsen in Europa en daarbuiten, maakte vele programma’s voor radio en tv, en een groot aantal door hem volgespeelde grammofoonplaten en cd’s werd uitgebracht.

Als orgeldeskundige had Jan Jongepier een grote naam. Hij schreef een groot aantal boeken en talloze publicaties over orgelbouw en orgelhistorie. Ruim dertig jaar was hij werkzaam als adviseur bij nieuwbouw en restauratie van orgels. Vele jaren gaf hij leiding aan excursies en reizen naar historische orgels in geheel Europa.
In 2003 werd hem de Jan Pieterszoon Sweelinckprijs toegekend voor zijn verdiensten voor de Nederlandse orgelcultuur.

Na de restauratie en de terugkeer van het Garrels-orgel in de Nicolaaskerk van Purmerend werd hij in 2003 benoemd tot organist-titulaire van dit instrument, hetzelfde orgel waar hij van l957 tot l976 als organist aan verbonden was geweest.